南京地区考研难度较高的大学排名如下：
南京大学
综合类大学，各科实力强，特别是文科和理科专业。
东南大学
985工程高校，以工科和理科见长，特别是建筑学和土木工程等专业。
南京理工大学
工科类大学，以“兵器科学与技术”著称，工科实力强。
南京师范大学
综合文科类大学，教育领域声誉高，尽管报考热度有所下降，但仍是热门选择。
南京航空航天大学
航空航天领域有较强实力。
河海大学
以水利为特色，相关专业实力强。
南京医科大学
医学专业领域有较高声誉。
南京邮电大学
以电子信息为特色，通信和计算机专业学术水平高。
中国药科大学
药学领域有较强实力。
南京农业大学
农业和生命科学领域有优势。
南京信息工程大学
大气科学等领域有较强实力。
南京财经大学
以经济管理学科为主，招生名额多，竞争相对较小。
南京工业大学
工科和材料科学等领域有实力。
以上排名基于不同时间点的信息，具体情况可能会有所变化。建议关注各大学的最新招生简章和录取情况，以获得最准确的信息