南京的土木工程专业大学排名如下：
东南大学：
东南大学在土木工程专业上享有很高的声誉，虽然以理科见长，但在土木工程专业上同样表现出色。在全国的排名中，东南大学通常位于前列，虽然没有同济那么稳坐全国前三，但也是一流水平。
南京大学：
南京大学作为国内顶尖的综合性大学，其土木工程专业也享有很高的声誉，虽然以理科见长，但在土木工程专业上同样表现出色。
河海大学：
河海大学在土木工程专业上同样表现优秀，是南京地区土木工程专业的重要高校之一。
南京航空航天大学：
南京航空航天大学在土木工程专业上排名非常靠前，是南京地区土木工程专业的重要高校之一。
南京理工大学：
南京理工大学在土木工程专业上也有很好的表现，属于南京地区土木工程专业的重要高校之一。
同济大学：
同济大学在土木工程专业上稳坐全国前三，甚至第一第二的位置，是土木工程专业最顶尖的高校之一。
这些排名综合了不同排行榜的数据，因此排名可能会有所不同。建议在选择学校时，可以综合考虑各学校的学科优势、专业排名以及学校的整体实力。