截至2024年，日本最厉害的大学排名如下：
东京大学
东京大学是日本实力最强的大学，也是日本最早建立的大学，位列七所旧帝国大学之首。在世界范围内也非常著名，2018年QS世界大学排名第28位，2018年QS亚洲大学排名第13位。
京都大学
京都大学是日本国内仅次于东京大学的国立综合大学，建立于1897年，是日本第二所旧制帝国大学。在2018年ARWU世界大学学术排名中位列第35位。
东京工业大学
东京工业大学是日本国内最好的理工科大学，也是世界一流的理工科大学，位列日本最好的大学排名第三。在2018年QS世界大学就业能力排行榜中位列第19位。
大阪大学
大阪大学位于大阪这个工业城市及国际门户的特殊地理环境，造就了其“务实”学风。在2018年ARWU世界大学学术排名中位列第83位。
东北大学
东北大学起源于1876年，是日本首座授予学士学位的大学，是日本著名国立大学。科研综合实力稳居日本前6位。
名古屋大学
名古屋大学位于名古屋市，是日本顶尖的综合性大学之一，拥有多个优秀的研究机构。
九州大学
九州大学位于福冈市，被称为“九大”，在亚洲和世界范围内都有很高的学术声誉。著名校友包括国际空间站的第一位日本指挥官。
北海道大学
北海道大学是日本首座授予学士学位的大学，其理、工、农、医及社会学科具有全日本一流的研究水平。
庆应义塾大学
庆应义塾大学位于东京港区，是日本仅有的世界经济论坛全球大学领袖论坛的成员两所大学之一。学校重视协作和实践科学。
筑波大学
筑波大学以高新科技研究为主体，坐落在筑波学园都市，在体育科技研究上处于世界领先地位。
这些排名综合了多个排名机构的数据，包括QS世界大学排名、ARWU世界大学学术排名等，具有较高的权威性。建议根据个人兴趣和学术方向选择合适的大学。