根据最新的排名信息，亳州最好的大学排名如下：
亳州学院
亳州学院在国家教育部批准设置的公办普通本科高校，坐落于“国家历史文化名城”､全国“四大药都”之首——安徽亳州。亳州学院在各类排名中均表现优异，位居亳州市第一位。
亳州职业技术学院
亳州职业技术学院是一所全日制公办普通高等职业院校，坐落在国家级历史文化名城华佗故里､药材之乡安徽省亳州市。学院以普通专科为主，兼有五年制大专，专升本和成人教育本､专科。
建议：
亳州学院作为亳州市最好的大学，其中医药专业与当地产业结合紧密，对中医药感兴趣的同学可以考虑报考。
亳州职业技术学院则以理工科为主，适合希望从事理工科相关职业的学生。