南京最难考的大学排名如下：
南京大学
南京大学是教育部直属的综合性全国重点大学，位列211、985工程，并首批入选“国家双一流”、“世界一流大学A类建设高校”。南京大学在江苏省内的考试难度极高，2019年理科投档线为399分，全省理科排位2275名。
东南大学
东南大学是教育部直属的副部级全国重点大学，著名的建筑老八校及原四大工学院之一，入选国家“双一流”建设高校、“211工程”、“985工程”。东南大学的工科实力非常强大，2019年理科投档线为398分，全省理科排位2535名。
南京理工大学
南京理工大学是一所隶属于中华人民共和国工业和信息化部的全国重点大学，学校创建于1953年，前身是中国人民解放军军事工程学院炮兵工程系。南京理工大学的考研难度也相当高，在江苏省内的排名一直靠前。
南京航空航天大学
南京航空航天大学是工业和信息化部直属的全日制普通本专科高校，是“211工程”、“985工程”优势学科创新平台重点建设高校。南京航空航天大学的考研难度也较高，在江苏省内的排名也较为靠前。
河海大学
河海大学是一所有百年办学历史，以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的教育部直属，教育部、水利部、国家海洋局与江苏省人民政府共建的全国重点大学。河海大学的考研难度也较大，在江苏省内的排名也较为靠前。
此外，以下大学在考研难度上也相对较高：
南京师范大学
南京师范大学是江苏省人民政府和教育部共建的全国重点大学，是国家“211工程”和“985工程”优势学科创新平台重点建设高校。南京师范大学在江苏省内的考研难度也较高。
南京医科大学
南京医科大学是教育部、国家卫生健康委员会、江苏省人民政府共建的高等学校，是国家“双一流”建设高校和江苏省高水平大学建设高校。南京医科大学的考研难度也较大。
南京邮电大学
南京邮电大学是教育部、工业和信息化部、国家邮政局与江苏省人民政府共建的高校，是国家“双一流”建设高校和江苏省高水平大学建设高校。南京邮电大学的考研难度也较高。
中国药科大学
中国药科大学是教育部直属的全国重点大学，是国家“双一流”建设高校和江苏省高水平大学建设高校。中国药科大学的考研难度也较大。
南京农业大学
南京农业大学是教育部、农业农村部、国家林业和草原局共建的全国重点大学，是国家“双一流”建设高校和江苏省高水平大学建设高校。南京农业大学的考研难度也较高。
这些排名综合了不同来源的数据，并考虑了学校的整体实力、学科特色以及考研难度等因素。建议考生在选择目标院校时，可以综合考虑自身的兴趣、专业背景和实力，选择最适合自己的学校。