南京最吃亏的大学是 南京农业大学。尽管南京农业大学拥有4个A类学科，包括农林经济管理、农业资源与环境、植物保护和作物学，在全国第4次学科评估中表现突出，但由于其作为一所农林类院校，在经济大发展和互联网新兴的时代背景下，受到了不公平的待遇，很多考生和家长会忽视这所大学，导致其排名始终靠后。
建议：
对于对农业和生命科学感兴趣的学生，南京农业大学是一个非常好的选择，尽管其综合排名不高，但其学科实力在全国是领先的。
对于希望进入综合性大学的学生，可以考虑南京大学等其他顶级高校，这些学校在综合排名和学科实力上都有较好的表现。