二级学院的机构设置通常包括以下部门：
办公室：
负责日常行政事务和管理工作。
教学科研科：
负责教学计划的制定、教学管理和科研活动的组织。
学生科（团总支）：
负责学生日常管理、团日活动和思想政治教育。
此外，根据不同的学院和专业特点，二级学院还可能设有以下科室：
机械与能源工程学院：党支部、教研室、实验室、办公室。
设计艺术学院：视觉传达设计、产品设计、服装与服饰设计、服装设计与工程专业。
建筑与环境艺术学院：环境设计、建筑学、土木工程专业。
动画与传媒学院：动画、数字媒体艺术、播音与主持艺术专业。
人文教育学院：哲学、汉语言文学、学前教育、艺术教育、舞蹈表演专业。
美术学院：雕塑、绘画、摄影专业。
马克思主义学院：负责思想政治理论课的教学和研究。
创新创业学院：负责创新创业教育和实践活动。
公共基础教学部：负责公共基础课程的教学工作。
继续教育学院：包括党政办公室、自考部、成教部、培训部、教学管理部、合同管理与目标考核部。
这些科室和部门的具体设置可能因学院类型、规模和专业设置的不同而有所差异。