南京最好的足球大学排名如下：
南京体育学院
南京体育学院在2024年南京高校普通大学生足球比赛中排名第一。
南京大学
南京大学足球队荣获甲级联赛冠军。
南京航空航天大学金城学院
南京航空航天大学金城学院足球队在同一联赛中取得亚军。
南京邮电大学
南京邮电大学足球队在同一联赛中获得季军。
东南大学
东南大学足球队在该赛事中表现优异。
金陵科技学院
金陵科技学院足球队也获得了体育道德风尚奖。
南京晓庄学院
南京晓庄学院足球队获得体育道德风尚奖，并被授予突出贡献奖。
南京交通职业技术学院
南京交通职业技术学院足球队同样获得体育道德风尚奖。
南京医科大学
南京医科大学足球队也荣获体育道德风尚奖。
这些排名综合了不同赛事和不同年份的评选结果，因此排名可能有一定的变动性和局限性。建议参考多个来源的信息，以获得更全面的了解。