在民办大学中， 同济大学的土木工程学科被认为是最好的。虽然它是一所211工程大学，但其土木工程学科的实力在量化得分上达到了1691分，位居全国高校首位，并且是一级学科国家重点学科和上海市高峰学科。此外，同济大学在教育部第四轮的学科评估中获得了A+评分，学科实力居全国各高校同类学科前2%或前两名。
尽管京城市学院的土木工程也是其最好的专业之一，并且在民办大学中可以算是最好的，但其就业率和师资力量相对较弱，且自考难度较大。
因此，从学科实力和就业前景的角度来看，同济大学无疑是民办大学中土木工程专业最好的选择。如果有可能，建议优先考虑报考同济大学。