截至2024年，福州大学设有 27个学院，包括1个独立学院和1个中外合作办学学院，涵盖了工、理、文、经、管、法、教育、艺术等多个学科领域。具体学院设置如下：
1. 电气工程与自动化学院
电气工程及其自动化、自动化、智能电网信息工程、储能工程与科学
2. 机械工程及自动化学院
机械设计制造及其自动化、车辆工程、材料成型与控制、机器人工程
3. 数学与统计学院
数学与应用数学、信息与计算科学、经济统计学
4. 计算机与大数据学院（软件学院）
软件工程、人工智能、数据科学与大数据技术、信息安全、计算机类（包括计算机科学与技术、网络工程两个专业）
5. 石油化工学院
化学工程与工艺、过程装备与控制工程、油气储运工程
6. 化学学院
制药工程、化学
7. 土木工程学院
智能建造、交通运输类（包括交通工程、交通运输两个专业）、工程管理、给排水科学与工程、港口航道与海岸工程、水利水电工程、土木工程
8. 环境与安全工程学院
环境工程、地质工程、安全工程、人文地理与城乡规划、资源循环科学与工程
9. 经济与管理学院
公共管理类（包括行政管理专业、公共事业管理专业）、物流工程、物流管理、经济统计学、工业工程、电子商务、信息管理与信息系统、国际经济与贸易、经济学、金融学、财政学、财务管理、会计学、市场营销、工商管理
10. 生物科学与工程学院
食品科学与工程、生物工程、生物医学工程
11. 外国语学院
德语、日语、英语
12. 物理与信息工程学院
通信工程、电子信息工程、电子科学与技术、光电信息工程、微电子科学与工程、应用物理学、数字媒体技术、物联网工程、集成电路设计与系统集成
13. 微电子学院
微电子科学与工程、应用物理学、数字媒体技术、物联网工程、集成电路设计与系统集成、量子信息科学
14. 建筑与城乡规划学院
建筑学、城乡规划、风景园林
15. 紫金地质与矿业学院
地质工程、资源勘查工程、采矿工程、矿物加工工程
16. 厦门工艺美术学院
视觉传达设计、环境设计、产品设计、服装与服饰设计、数字媒体艺术、工艺美术、绘画、雕塑、工业设计
17. 材料科学与工程学院
材料科学与工程、高分子材料与工程
18. 法学院
法学
19. 至诚学院（独立学院）
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20. 人文社会科学学院
社会学、汉语言文学、应用心理学、音乐学
21. 海洋学院
物流管理、水利水电工程、电子信息工程、机械设计制造及其自动化
22. 继续教育学院
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23. 马克思主义学院
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24. 梅努斯国际工程学院
自动化（Robotics and Intelligent Devices）、软件工程（Computer Science and Software Engineering）、数字媒体技术（Multimedia, Mobile and Web Development）、电子信息工程（Electronic Engineering）
25. 体育教学部
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