南京大学本身并没有三本。南京大学申办有南京大学金陵学院，这是本科层次的独立学院，传统上被认为是三本院校，主要负责对外地招生。虽然教育部门并没有明确划分南京大学金陵学院是二本还是三本，但根据民间说法和某些信息，它被视为三本大学。
三本大学通常指的是在本科第三批次录取的本科高校，这些高校主要是独立学院和民办本科。独立学院依托母体高校的资源，但相对独立运营，而民办本科则是由社会力量举办。
需要注意的是，随着各省份本科批次的合并，原本的三本批次已经逐渐取消，现在统一为本科二批。因此，南京大学金陵学院现在可能不再被称为三本院校，而是作为独立学院，在招生和毕业证书上与其他本科高校保持一致。
建议您在选择高校时，可以综合考虑学校的教学质量、专业设置、就业情况等因素，而不必过于纠结于“几本”的划分。