三本大学在本质上与二本大学没有区别，它们都属于本科层次的教育。根据中国的高等教育体系，一本、二本、三本都是本科教育系列，学制为四年，毕业证书和学位证书相同，均不标明具体批次，只表明是本科。
然而，需要注意的是，原来的三本院校已经不存在了，它们大多数已经并入本科招生的第二批，统称为二本。原来的三本院校多为独立学院，这些独立学院在转设为民办院校后，与举办方脱离关系，成为民办普通二本高校。
因此，从2016年起，一些省份取消了“三本”批次招生，三本院校转设为民办大学后，其毕业生在学历上等同于二本院校的毕业生。