民办大学纠纷多的原因可以从以下几个方面进行分析：
学费退还纠纷
民办培训公司与实际办学单位签订培训合同，通过“层层转包”赚取差价，对学生作出超出实际办学资质的虚假承诺，在无法兑现时产生退学纠纷。
合伙协议纠纷
民办教育机构创办人或主要投资人在办学过程中吸收社会投资入股，因不符合变更举办人的法定程序而引发合伙协议纠纷。
工程款等合同纠纷
民办教育机构创办人取得前期审批文件后，以办学需要为由与人签约房屋租赁、设备采购、装修改建等合同，后因办学行政审批中出现问题而无法最终取得办学许可资格，致使产生工程款、租金、货款等合同纠纷。
教师劳动争议纠纷
民办教育机构办学经费自筹，亏损自担，教师工资和福利与公办学校存在差距，在没有稳定资金来源的情况下，因企业资金周转而拖欠教师和行政人员工资的情况普遍存在。部分家教、网络教育、自考等培训机构将招生绩效与负责招生教师的工资待遇挂钩，导致民办学校劳动争议多发。
虚假宣传和违规收费
民办高校存在虚假宣传、任意设置和终止专业、违规收费等情形，这些行为容易引发学生和家长的不满和纠纷。
内部管理混乱
民办学校股东个人债务纠纷频发，导致民办学校受牵连而涉诉。内部管理混乱，导致教学质量达不到学生要求，学生因教学活动达不到其入学目的而起诉学校。
财务管理不善
民办学校股东将学校资产视为己有，不当借用或非法挪用学校资金，或违规将资金转入个人或其控制的公司账户，导致拖欠教职员工工资，引发内部管理纠纷。
招生利益冲突
民办高校老师因招生任务压力和利益冲突，可能因报销或提成问题而与学校闹上法庭。
综上所述，民办大学纠纷多的原因主要包括学费退还、合伙协议、工程款、教师劳动、虚假宣传、内部管理、财务管理以及招生利益冲突等多方面。这些纠纷不仅影响学校的正常运营，也对学生的权益造成损害。建议民办教育机构加强内部管理，规范财务制度，提高教学质量，以减少纠纷的发生。同时，政府和相关部门也应加强对民办教育的监管，确保其合法合规发展。