日本的大学分为国立、公立和私立三大类，并没有国内所划分的一本、二本、三本。因此，提问中的“日本三本有多少大学”并不适用。
日本的国立大学包括东京大学、京都大学、大阪大学、一桥大学、东京工业大学、北海道大学、名古屋大学、日本东北大学、九州大学、筑波大学等，这些大学在日本都是顶级大学，享受政府资金支持，学费较欧美国家便宜很多。
此外，日本的私立大学数量众多，其中一些著名的私立大学包括早稻田大学、庆应义塾大学、上智大学、明治大学等。
总的来说，日本的大学数量超过300所，其中国立和私立大学占据重要地位。建议在选择大学时，可以根据自己的兴趣、专业需求以及学校的学术声誉和地理位置等因素进行综合考虑。