在内蒙古地区，最好的中医二本大学有以下几所：
内蒙古医科大学：
这所大学在内蒙古乃至全国都有很高的知名度，特别是在中医药领域。该校的中药学专业在内蒙古排名最好，并且拥有丰富的教学资源和临床实践机会。
内蒙古科技大学包头医学院：
该校以中医药专业为特色，注重实践教学和研究，是内蒙古地区较为知名的中医药二本大学。
内蒙古民族大学：
该校的中医学专业在内蒙古排名靠前，学校致力于培养具有市场竞争力的实践型创新型创业型人才。
呼伦贝尔学院：
虽然整体排名不如上述三所，但其在中医药专业方面也有一定的教学实力。
赤峰学院：
赤峰学院同样在中医药专业方面有一定的教学和研究能力。
综合以上信息，内蒙古医科大学和内蒙古科技大学包头医学院在中医药二本大学中表现最为突出，是内蒙古地区最好的中医二本大学。建议考生在报考时，可以优先考虑这两所学校。