南京最神秘的大学排名如下：
中国人民解放军陆军工程大学 特点：
这所大学专注于军事领域，培养工程兵、军械装备等领域的新型作战人才。它拥有强大的师资力量和雄厚的办学实力，在“兵器科学”领域全球排名第4位，工学学科在ESI全球顶尖学科中排名1%。
中国人民解放军海军指挥学院
特点： 作为海军领域的最高学府，海军指挥学院专注于培养面向海军全军现代化的高级指挥人才。学院设有战役指挥系、战术指挥系、政治指挥系和后勤指挥系等，被誉为“指挥官的摇篮”。河海大学
特点：
河海大学在水利界享有盛誉，是国内第一所培养水利人才的高校，被誉为国内水利高等教育的鼻祖。学校的前身是1915年张謇创建的河海工程专门学校，是211工程大学及世界一流学科建设高校。
这些大学虽然各有特色，但都在各自的领域内具有很高的声誉和影响力，毕业生通常具有较好的就业前景和发展空间。