二本大学与三本学校的合并是指 录取批次的合并，而不是学校的合并。具体来说，国家教育部门取消了三本批次的招生，将三本批次纳入二本的招生批次中，合并后二本和三本将统称为二本。这种合并体现了国家改革的总体方向，旨在消除社会对三本院校毕业生的偏见，实现高校毕业生平等竞争就业。
合并后，三本院校虽然仍然保持其独立学院或民办学校的性质，但其招生和毕业证书将不再标明“三本”，而是与二本院校一起被称为“二本”。这种改革有利于消除由批次划分引起的本科第三批院校录取分数偏低的现象，为民办高校提供平等竞争和发展的平台。
需要注意的是，虽然录取批次合并了，但各高校的录取分数线和办学质量仍然存在差异。学生在选择学校时，仍然需要根据自己的分数和兴趣进行综合考虑，以选择最适合自己的学校和专业。