民办大学的证书编码规则如下：
编号长度：
民办大学的证书编码通常为13位数。
前6位数：
代表国家行政区划代码，其中前2位数为省级代码，接下来2位数为地级代码，最后2位数为县级代码。
第7位数：
表示学校层次码，民办大学的代码为“2”。
后6位数：
为学校排序码，即该民办大学在同类学校中的排序号码。
例如，如果某民办大学的证书编码为“1234562001”，其中“123456”代表国家行政区划代码，“2”代表学校层次码，“001”代表学校排序码。
需要注意的是，证书编号的具体格式可能会因地区和学校而异，建议在具体操作时参照所在地区和学校的具体规定。