民办大学的毕业证认证主要有以下几种方式：
学校官网查询
民办大学的毕业证如果属于统招内的，可以在学校官网进行查询认证。
如果是非统招内的民办大学，其毕业证可能无法在学信网上查询，只能通过学校官网或学籍部门进行查询认证。
学信网查询
民办大专和本科院校，如果具备颁发国民教育系列毕业证，是可以在学信网上进行查询认证的。
相关部门认证
民办大学若要获得更广泛的认证，可能需要提交相关办学许可证和企业申请公函等文件，向有关部门进行申请和认证。
第三方认证机构
除了上述方式，还可以选择将民办大学的毕业证提交给第三方认证机构进行认证，但需要注意的是，第三方机构的认证结果可能因学校不同而有所差异，且并非所有民办大学的毕业证都能得到广泛认可。
建议
选择可靠的认证方式：首先建议通过学校官网或学信网进行查询认证，这是最直接和常用的方式。
准备必要文件：如果需要更高级别的认证，如企业招聘或出国留学等，可能需要提前准备好办学许可证、企业申请公函等相关文件，并按照要求提交给相关部门。
咨询专业人士：在认证过程中如遇到问题，可以咨询学校的学籍部门或专业的学历认证机构，以获得更准确的指导和帮助。