南京工业大学的专业中，以下几个专业被认为是最好的：
化学工程与技术：
在国家第四轮学科评估中获得了A等级，排名全国前2%~5%，显示出该专业在全国范围内的领先地位。
材料科学与工程：
在学科评估中获得了B等级，排名全国前10%~20%，在省内排名第一。
安全科学与工程：
同样获得了B等级，专业实力强劲。
土木工程：
土木工程专业排名第一，是南京工业大学的王牌专业之一。
化学工程与工艺：
该专业具有近百年的办学历史，源于1921年金陵大学工业化学系和1927年第四中山大学化工科，培养了以18名两院院士为代表的大批杰出科学、工程与管理人才。该专业为国家级特色专业、首批入选教育部“卓越工程师教育培养计划”试点、国家一流本科专业建设点、江苏高校品牌专业建设工程。
过程装备与控制工程：
该专业也是南京工业大学的王牌专业之一，具有强大的实力和广泛的应用前景。
无机非金属材料工程：
这也是南京工业大学的强项之一。
电气工程及其自动化：
该专业在工程领域具有广泛的应用，是学校的优势专业之一。
建筑学：
建筑学专业在设计和规划方面具有很高的声誉。
计算机科学与技术：
该专业在信息技术和计算机应用方面具有很高的竞争力。
这些专业不仅在学术上表现优异，而且在就业市场上也具有较高的竞争力。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些专业，以获得更好的学术和职业发展机会。