三本大学被取消的原因主要在于 整顿教育秩序和推进高考改革。以江苏省为例，2014年高考录取时，共有11所民办二级学院取消了三本计划，这并非为了发展职业教育，而是为了解决“校中校”、“假独立”等独立学院转型不合格等问题。这些学院原本的招生计划归于母体二本院校，此举有助于提高教育质量和规范教育秩序。
此外，中国科学院院士、宁波诺丁汉大学校长杨福家曾在2013年的一场高校报告中预计，未来5年内高等教育将取消“一本、二本、三本”的提法，以赋予民办高校更多活力。这表明，取消三本大学也是我国高等教育改革的一部分，旨在推动教育公平和高质量发展。