边疆民办大学的办学层次主要取决于其具体的办学实力和国家的政策导向。以下是一些关键点：
二本院校
民办本科院校中确实存在二本院校。虽然许多民办本科院校在高考招生中按照三本批次进行，但也有部分民办本科院校具备二本招生资格。
三本院校
在高考招生中，民办本科院校通常被称为三本院校，按照第三批次分数线进行招生。
政策变化
国家已经取消了三本批次，因此，现在的民办大学主要被视为二本大学。
综上所述，边疆民办大学大多数情况下被认为是二本大学，但也有部分民办本科院校可能仍然按照三本批次进行招生。建议在选择民办大学时，重点考虑其办学实力、教育质量以及未来的发展趋势。