山东二本合并后的高校排名如下：
青岛大学：
青岛大学是由青岛医学院、山东纺织工学院、青岛师范专科学校合并而来，如今综合实力已经跃升全省前五名。在软科排名和校友会网排名中，分别位列第110名和第135名。
济南大学：
济南大学在2016年山东二本大学排名中位列第一。
曲阜师范大学：
曲阜师范大学在2016年山东二本大学排名中位列第二。
山东财经大学：
山东财经大学在2016年山东二本大学排名中位列第三。
烟台大学：
烟台大学在2016年山东二本大学排名中位列第五。
青岛科技大学：
青岛科技大学在2016年山东二本大学排名中位列第一。
山东理工大学：
山东理工大学在2016年山东二本大学排名中位列第六。
鲁东大学：
鲁东大学（原烟台师范学院）在2016年山东二本大学排名中位列前十。
聊城大学：
聊城大学在2016年山东二本大学排名中位列前十。
山东建筑大学：
山东建筑大学在2016年山东二本大学排名中位列前十。
青岛农业大学：
青岛农业大学在2016年山东二本大学排名中位列前十。
临沂大学：
临沂大学在2016年山东二本大学排名中位列前十。
山东工商学院：
山东工商学院在2016年山东二本大学排名中位列前十。
山东交通学院：
山东交通学院在2016年山东二本大学排名中位列前十。
潍坊医学院：
潍坊医学院在2016年山东二本大学排名中位列前十。
济宁医学院：
济宁医学院在2016年山东二本大学排名中位列前十。
滨州学院：
滨州学院在2016年山东二本大学排名中位列前十。
这些排名综合了不同年份的数据，建议参考最新的排名信息以获得最准确的结论。