在二本院校中，物流工程专业较好的大学包括：
北京物资学院：
物流工程专业最为突出，且物流管理专业在国内高校中排名第三。北京物资学院物流专业培养资格最早，2001年成为国内第一个开设物流管理专业的院校，专业体系完备，师资力量强，拥有国内外知名的物流专家。
上海海事大学：
也是二本院校中物流工程专业较好的选择之一。
河南工业大学：
在物流工程方面也有不错的表现。
沈阳工业大学：
物流工程专业也值得考虑。
哈尔滨商业大学：
物流工程专业也较好。
武汉理工大学：
物流工程专业是国家特色专业，融合机械、控制、信息、计算机、大数据、人工智能等多学科领域知识，研究和解决物流自动化系统与装备研制、工艺开发与改造、技术系统集成、生产过程管理等方面理论和实际问题的宽口径综合性专业。
大连海事大学：
主要培养具有物流企业经营管理、物流系统规划与设计及相关学科基础理论和技能的高级物流经营管理人才。
北京交通大学：
在物流管理专业方面，北方交通大学创立了国内许多个第一，如第一个获得“物资流通工程”硕士学位授予权、第一个获得“物资流通工程”博士学位授予权、第一批获得“管理学科与工程”博士学位物流管理授予权。
对外经济贸易大学：
国际经济贸易学院下设国际运输与物流系，优势主要是国际物流操作，学生需要精通海、陆、空运和多式联运等具体操作环节。
天津大学、 北京科技大学、 同济大学、 中南大学等也是国内物流工程专业较好的大学，这些学校通常在物流管理专业方面也有较高的教学水平和研究实力。
建议根据个人兴趣、职业规划以及地理位置等因素，综合考虑这些学校的物流工程专业，选择最适合自己的学校。