南京理工大学的王牌专业排名如下：
武器系统与工程
国家级一流本科专业建设点
国家级特色专业
江苏省品牌专业
综合指数： 86.0
化学工程与工艺
国家级一流本科专业建设点
国家级特色专业
江苏省品牌专业
综合指数： 84.3
自动化
国家级一流本科专业建设点
国家级特色专业
江苏省品牌专业
综合指数： 83.0
机械工程
国家级一流本科专业建设点
国家级特色专业
江苏省品牌专业
综合指数： 81.5
电子信息工程
国家级一流本科专业建设点
国家级特色专业
江苏省品牌专业
综合指数： 79.7
材料科学与工程
国家级一流本科专业建设点
国家级特色专业
江苏省品牌专业
综合指数： 78.0
光电信息科学与工程专业
国家级一流本科专业建设点
国家级特色专业
江苏省品牌专业
综合指数： 76.9
安全工程专业
国家级一流本科专业建设点
国家级特色专业
综合指数： 75.5
信息与计算科学专业
国家级一流本科专业建设点
江苏省特色专业
综合指数： 73.7
工程力学专业
国家级一流本科专业建设点
江苏省特色专业
江苏省“十二五”重点专业
综合指数： 72.0
这些专业在学术实力、师资力量、就业前景等方面均表现优异，是南京理工大学的重点专业和优势学科。建议有意向报考南京理工大学的考生重点关注这些专业，并在高考中取得优异成绩。