澳门的三本大学包括：
澳门城市大学：
澳门地区综合性大学，也是澳门四所开展“本､硕､博”全层次办学的综合性大学之一。它是中国内地单独招生性质，与报考内地大学志愿不冲突。
澳门科技大学：
虽然澳门科技大学不区分一本、二本、三本，但其在QS榜单中的排名与内地的一些重点一本院校相当，如大连理工大学、电子科技大学、深圳大学、中国农业大学、湖南大学等。
建议：
澳门城市大学和 澳门科技大学都是澳门地区较为知名的高等教育机构，实力较强，且对内地学生开放单独招生。
澳门大学虽然年轻，但实力强劲，国际排名飙升，也是值得考虑的选择。
请根据个人兴趣、学术目标和实际情况，选择合适的大学进行申请。