三本大学毕业生申请日本读研是可行的，但需要满足一定的条件并注意以下几点：
学术成绩
学士学位和GPA：日本研究生院非常看重申请者的学士学位和GPA。虽然日本对GPA的要求相对较低（一般2.5到3.0之间），但具体要求因学校和专业而异。三本学生应尽可能提高自己的GPA，以展示自己的学术能力和学习态度。
专业课程成绩：除了整体GPA外，申请者的专业课程成绩也非常重要。日本研究生院希望看到申请者在所申请专业领域内具有扎实的基础。
语言能力
日语能力考试（JLPT）：申请者通常需要提供JLPT成绩，N2级别或以上是比较常见的要求。
英语语言考试：许多日本的研究生课程也接受英语授课，因此申请者可能需要提供IELTS或TOEFL成绩。具体的分数要求因学校和专业而异，但一般来说，IELTS总分不低于6.0分或TOEFL总分不低于80分是比较常见的要求。
研究学习能力
三本学生需要有相应的研究学习能力，这包括对专业知识的掌握程度和解决问题的能力。在申请过程中，可以通过提交研究计划书等方式展示自己的研究能力。
经济条件
留学费用较高，需要考虑家庭经济状况。学费和生活费加起来可能需要一定的经济支持。可以考虑申请奖学金或通过打工来减轻经济压力。
申请流程
出愿：提交入学申请，有些学校还要求考前必须与教授取得联系（套磁）。
笔试：主要考查专业相关的基础知识和理论，部分学校有英语笔试。
面试：面试是最重要的环节，教授会根据提交的研究计划书展开提问，也可能用英语提问以检验申请者的英语水平。
其他建议
三本学生可以通过提前准备，提高自己的语言能力和学术成绩，增加申请成功的机会。
可以考虑选择一些对三本学生相对友好的学校和专业，或者通过研究生预科课程来提高自己的研究能力和日语水平。
在申请过程中，可以通过DIY的方式申请，或者找专业的留学机构协助，以增加申请的成功率。
总之，三本大学毕业生申请日本读研是可行的，但需要充分准备，提高自己的学术成绩和语言能力，并在申请过程中注意各个细节。