南京的民办本科大学包括以下几所：
三江学院：
江苏省首家民办本科普通高校，全国最早的四所民办本科高校之一。
东南大学成贤学院：
由“985”“211”重点建设高校东南大学举办的独立学院，培养普通全日制本科学生。
南京大学金陵学院：
由南京大学申办的本科层次的独立学院，位于南京大学浦口校区。
南京理工大学紫金学院：
由南京理工大学联合社会力量举办的本科层次的独立学院。
南京航空航天大学金城学院：
南京的民办本科大学之一。
南京传媒学院：
在办学规模、党建工作、教学水平等方面在全省乃至全国同类院校中保持显著优势。
南京工业大学浦江学院：
由南京工业大学与江苏通达控股集团合作创办的本科院校。
南京审计大学金审学院：
由南京审计大学与江苏金圆集团合作创办的本科院校。
南京邮电大学通达学院：
由南京邮电大学与江苏通达控股集团合作创办的本科院校。
南京工程学院：
由民办南京工程学院股份有限公司创办的本科院校，以培养应用型、复合型、创新型的高级工程技术人才为目标。
建议在选择民办本科大学时，可以综合考虑学校的办学历史、师资力量、专业设置、校园环境以及就业前景等因素。