民办大学主要需要缴纳的税种包括：
企业所得税：
无论是营利性还是非营利性民办大学，作为企业，其盈利部分需要缴纳企业所得税。一般情况下，企业所得税的税率为25%，但非营利性教育机构可以享受15%的优惠税率。
增值税：
高校通过教育服务活动获取的费用可以享受免征增值税的优惠政策，但其他渠道获得的社会投资、赞助费用等需要缴纳增值税。
个人所得税：
学校聘用的教职员工及中层管理人员按规定支付的工资、津贴及其他财产性报酬需要缴纳个人所得税。
印花税：
学校在签订各种合同、账簿、证照、票据等经济活动时，需要缴纳印花税。
房产税：
拥有自己校舍的民办大学需要缴纳房产税，税率一般为1.2%，但用于教学的校舍可以享受免税或减税的优惠政策。
土地使用税：
使用自己购买的土地的民办大学需要缴纳土地使用税，税率一般为每年每平方米1-30元。
城市维护建设税和教育费附加：
这些税费一般与增值税等税种相关联，按照规定比例征收。
地方教育附加税：
根据地方规定，民办学校可能还需要缴纳地方教育附加税。
契税：
在特定情况下，如购买固定资产或进行其他大额交易时，民办学校可能需要缴纳契税。
需要注意的是，税收政策可能会有所变动，建议在实际操作中咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保准确合规地缴纳税款。