铁道部最好的二本大学包括：
西南交通大学：
国内一流的高等学府，铁路领域研究教育底蕴深厚，师资力量和科研设施一流，毕业生就业率高。
北京交通大学：
铁路专业课程设置齐全，实践教学环节丰富，与铁路行业合作紧密，地理位置优越。
石家庄铁道大学：
总体实力较强，师资力量雄厚，理工类专业就业很好，主要面向铁路局、工程局等。
华东交通大学：
以交通为特色、轨道为核心的多学科协调发展的教学研究型大学，拥有国家级一流专业建设点，如铁道工程专业。
大连交通大学：
东北地区唯一一所以轨道交通为特色的高等学校，机械工程、材料科学与工程、交通运输工程三个学科是省一级重点学科。
建议根据个人兴趣、专业需求和地理位置等因素，综合考虑以上几所大学进行选择。