民办大学的控制权主要体现在以下几个方面：
理事会控制权
非营利性民办学校的权力机构是理事会，理事会成员实行一人一票进行表决，且必须有校长、党组织负责人、教职工代表。
民办学校举办者需通过理事会行使相关权利，不能直接参与学校管理，因此，控制权的核心在于把握理事会的控制权。
举办者控制权
民办高校的举办权可以变更，控制权随着举办权的变更而改变。
举办者可以通过直接变更举办者或通过变更举办者公司的控股股东方式间接转让控制权。
办学结余与控制权
民办高校达到一定规模后，会产生大量现金流和办学结余，举办者和创办者可能通过对外拆借、挪用等方式获取这些资金，这些行为被视为获取控制权的私利。
内部治理结构
民办高校内部治理结构的演变是出资者控制权与教职工控制权不断冲突和合作的过程。
随着民办高校生命周期的不同阶段，内部治理结构可划分为"松散型治理"、"人力资本单边治理"、"出资者单边治理"、"关键利益相关者共同治理"四种类型，并在分类规范期后走向"关键利益相关者共同治理"。
建议
加强理事会治理：民办学校应加强理事会的独立性和权威性，确保其成员构成合理，能够有效行使决策权，防止举办者通过理事会过度干预学校管理。
完善监督机制：加强对民办高校财务和举办者行为的监督，防止资金被挪用或滥用，确保办学结余用于学校发展，维护学校和师生的利益。
推进治理结构改革：根据民办高校的发展阶段和实际情况，推进内部治理结构的改革，实现出资者、教职工和其他利益相关者的有效参与和共同治理，促进学校的健康发展。