投民办大学的基金主要 存在以下几种：
学校基金专户：
根据私立学校法第六十条第四项的规定，学校可以设立基金专户，用于存放学校基金专户或附属机构作业剩余款项转列的资金。
退休基金：
学校还可以自行提拨退休基金，作为基金总额的一部分。
投资基金：
私立学校可以在基金总额二分之一额度内，作为投资基金，购买国内依法核准公开发行上市、上柜公司的股票、公司债、国内证券投资信托公司发行的受益凭证或其他经主管教育行政机关核准的投资项目。
需要注意的是，这些基金的使用需要遵循相关法律法规和学校内部的规定，并且需要经过董事会的同意和监督。此外，民办大学在申请国家自然科学基金时，也需要按照相关规定进行操作，包括具备独立法人资格、在基金委员会网站注册账号、撰写研究计划书并提交相关材料等。