三本院校的学生想要考取东京大学的研究生确实面临较大的挑战，但并非完全没有可能。以下是一些建议，希望能提高你的申请成功率：
提前规划和准备
语言能力：提高日语和英语水平是关键。对于日语，建议达到N1水平；对于英语，托福成绩最好不低于90分，部分专业可能要求100分以上。
学术成绩：保持较高的GPA，一般建议不低于3.5分。
研究计划书：撰写出色的研究计划书，展示你的研究兴趣和能力。
获奖和科研经历：如果有相关的获奖或科研经历，一定要突出展示。
选择合适的申请路径
研究生预科：可以考虑先申请一个普通的日本大学读硕士，有机会再考取东京大学。
直考：日本大学的研究生入学考试是考学制，不看出身校，因此可以尝试直考。
利用现有资源
参加日语和英语培训课程：选择高质量的培训课程，系统提升语言能力。
加入学术社团或研究小组：通过参与这些活动，积累研究经验和学术背景。
寻找导师或教授：提前联系东京大学的教授，了解他们的研究方向和招生要求，争取获得推荐。
关注申请时间和流程
提前准备材料：确保所有申请材料（如成绩单、语言成绩、研究计划书等）提前准备齐全。
关注申请时间：东京大学的研究生申请时间通常在每年的秋季，提前了解并准备好所有材料。
保持积极心态
多次尝试：申请过程可能会很漫长，保持积极的心态，多次尝试是提高成功率的关键。
寻求帮助：如果有机会，可以咨询已经在东京大学就读的研究生或前辈，获取他们的建议和支持。
虽然三本院校的学生在申请东京大学研究生时会面临一定的劣势，但通过提前规划、充分准备和利用现有资源，仍然有可能实现目标。祝你成功!