上海民办大学的证书办理主要包括以下几个步骤：
提交申请材料：
民办学校需要根据相关法律法规的规定，向许可机关提交相应的材料，包括办学许可证的申领、换发和注销等。
等待审批：
许可机关在收到申请材料后，将在法定时限内作出许可决定。
取得办学许可证：
经许可机关批准同意后，民办学校将获得办学许可证的正本和副本。
办理法人登记、变更或注销手续：
民办学校需要携带办学许可证正本和副本，到相应的登记机关依法办理法人登记、变更或注销手续。
建议：在办理过程中，民办学校应确保所有材料的真实性和完整性，并提前了解相关法律法规，以确保流程顺利进行。