三本大学毕业生申请日本研究生留学可以参考以下步骤和策略：
语言能力
确保具备一定的日语水平，建议至少达到N2及以上水平。如果日语水平不够，可以考虑先申请语言学校，或者通过英语项目申请，但需要注意的是，一些优秀的国立大学可能要求日语N1水平。
学术成绩
保持较高的GPA（平均成绩点数），一般要求2.5到3.0之间，具体要求因学校和专业而异。此外，专业课程成绩也非常重要，需要展示在所申请专业领域内的扎实基础。
研究计划书
精心准备一份研究计划书，这是申请过程中非常重要的一环。研究计划书应体现出你对研究领域的热情、研究计划以及未来职业规划。
申请流程
可以选择DIY申请，但找中介会更省时省力。申请过程中需要面对教授面试、提交繁琐的申请材料等问题，因此务必认真准备。
选择学校和专业
根据自己的兴趣和职业规划，选择合适的学校和专业。可以关注一些日本名校，尽管出身校不是决定因素，但良好的学术成绩和语言能力可以增加申请成功的机会。
经济准备
估算留学费用，包括学费和生活费。一般来说，半年研究生加2年修士的费用大约在25万人民币左右。如果需要打工来补贴生活费，应确保不会影响学业。
时间规划
大一大二大三期间，重点刷GPA，争取获得学校奖学金，参加相关比赛，提升自己的综合竞争力。大四时开始准备申请，提前与教授沟通，了解入学要求。
通过以上步骤和策略，三本大学毕业生也可以成功申请到日本的研究生项目。重要的是要充分准备，全面提升自己的学术和语言能力，选择合适的学校和申请路径。