北京16区的大学排名如下：
1. 清华大学，综合类，985、211、双一流、教育部直属、强基计划，北京海淀区。
2. 北京大学，综合类，985、211、双一流、教育部直属、强基计划，北京海淀区。
3. 北京航空航天大学，理工类，985、211、双一流、中央部委、强基计划，北京海淀区。
4. 北京理工大学，理工类，985、211、双一流、中央部委、强基计划，北京海淀区。
5. 中国人民大学，综合类，985、211、双一流、教育部直属、强基计划，北京海淀区。
6. 北京师范大学，综合类，985、211、双一流、教育部直属、强基计划，北京海淀区。
7. 中国农业大学，农林类，985、211、双一流、教育部直属、强基计划，北京海淀区。
8. 北京科技大学，理工类，211、双一流、教育部直属，北京海淀区。
9. 北京交通大学，理工类，211、双一流、教育部直属，北京海淀区。
10. 中国石油大学（北京），理工类，211、双一流、教育部直属，北京昌平区。
11. 北京邮电大学，理工类，211、双一流、教育部直属，北京海淀区。
建议：
清华大学和北京大学在北京乃至全国都是顶尖高校，各有特色和优势，建议优先考虑。
北京航空航天大学、北京理工大学、北京科技大学等理工类高校在工程、科技等领域有很高的声誉，适合对理工科有兴趣的学生。
中国人民大学、北京师范大学在人文社科类学科方面具有显著优势，适合文科生报考。
中国农业大学在农业和生命科学领域具有很高的研究水平，适合相关专业的学生。