复旦大学硕士专业目录包括多个领域，以下是一些主要的专业方向：
人文社科类
中文专业
历史专业
哲学专业
新闻专业
法学理论
社会学
心理学
思想政治教育
英语语言学
中国古典文献学
经济学
经济学硕士
金融学硕士
产业经济学
区域经济学
国际贸易学
理学
数学硕士
物理学硕士
化学硕士
生物学硕士
工学
计算机科学与技术硕士
电子信息硕士
集成电路设计
软件工程
信息安全
管理学
管理学
工商管理硕士（MBA）
高级管理人员工商管理硕士（EMBA）
会计硕士（MPAcc）
财务管理
金融工程管理
医学
医疗管理专业硕士（MHA）
资产评估专业硕士
其他
航空航天系
材料科学系
高分子科学系
高等教育研究所
旅游学系
文物与博物馆学系
国际金融学院
经济学院
管理学院
生命科学学院
信息科学与工程学院
社会发展与公共政策学院
环境科学与工程系
历史地理研究中心
国际文化交流学院
文献信息中心
上海数学中心
工程与应用技术研究院
代谢与整合生物学研究院
大数据学院
基础医学院
公共卫生学院
药学院
上海市生物医药技术研究院
护理学院
临床医学院
上海市影像医学研究所
生物医学研究院
脑科学研究院
脑科学转化研究院
软件学院
微电子学院
人类表型组研究院
先进材料实验室
大气与海洋科学系
上海数学与交叉学科研究院
这些专业涵盖了广泛的学术和职业领域，满足了不同学生的需求。