三本大学的院长级别主要取决于学校的性质和层次。根据最新的可靠信息，我们可以得出以下结论：
普通本科院校的院长级别
在全国除31所副部级高校外的普通本科院校，院长的行政级别通常为正处级。
专科学校的院长级别
高级别专科学校的院长级别为县处级，一般专科学校的院长级别为副县处级。
副部级高校的院长级别
31所知名高校的校长和党委书记为副部级干部，但院长本身并不享受此级别，其行政级别仍为正厅局级。
其他特殊情况
有些高校（如中国科学技术大学、中南大学、兰州大学）的校长虽然行政级别为副部级，但院长级别通常为正厅级。
综上所述，三本大学的院长级别主要为正处级，具体级别可能会因学校的性质和层次有所不同。建议在选择学校时，了解其院长的行政级别有助于更全面地了解学校的行政管理体系。