截至2024年，上海交通大学共有 33个学院/直属系，涵盖了经济学、法学、文学、理学、工学、农学、医学、管理学和艺术等九个学科门类。具体学院设置如下：
1. 船舶海洋与建筑工程学院
2. 机械与动力工程学院
3. 电子信息与电气工程学院
4. 材料科学与工程学院
5. 环境科学与工程学院
6. 生物医学工程学院
7. 航空航天学院
8. 智慧能源创新学院
9. 化学化工学院
10. 致远学院
11. 海洋学院
12. 生命科学技术学院
13. 农业与生物学院
14. 药学院
15. 安泰经济与管理学院
16. 凯原法学院
17. 外国语学院
18. 人文学院
19. 国际与公共事务学院
20. 媒体与传播学院
21. 设计学院
22. 建筑学
23. 视觉传达设计（含环境设计）
24. 风景园林
25. 上海交大密西根学院（上海交通大学未来技术学院）
26. 上海交大巴黎高科卓越工程师学院（SPEIT）
27. 理科试验班类（含致远*、吴文俊数学班、李政道物理班）
28. 工科创新人才培养平台
29. 自然科学试验班
30. 文科创新人才培养平台
31. 马克思主义学院
32. 国家保密学院
33. 詹天佑学院（智慧交通未来技术学院）
34. 威海国际学院
建议：
学科交叉融合：上海交通大学注重多学科交叉融合，例如智慧能源创新学院、未来技术学院等，这些学院结合了不同学科的专业知识，培养具有综合能力的创新人才。
国际化教育：上海交通大学通过密西根学院、巴黎高科卓越工程师学院等国际化教育项目，提供全英语授课和专业课程，培养具有国际视野的人才。
科研实力：上海交通大学在科研方面表现突出，拥有多个研究院和研究中心，如能源研究院、空天科学技术研究院等，这些机构为师生提供了良好的科研环境和平台。