吉首大学的王牌专业包括：
音乐学
生物科学
工商管理
体育教育
软件工程
汉语言文学
物理学
旅游管理
武术与民族传统体育
化学
计算机科学与技术
法学
英语
经济学
网络与新媒体
数学与应用数学
食品科学与工程
环境科学与工程
临床医学
针灸推拿学
药学
护理学
会计学
舞蹈学
环境设计
数字媒体艺术
新闻学
机械设计制造及其自动化
电子信息工程
通信工程
31. 土木工程
32. 城乡规划
33. 环境工程
34. 小学教育
35. 商务英语
36. 新闻学
37. 历史学
38. 机械设计制造及其自动化
39. 电子信息工程
40. 通信工程
41. 土木工程
42. 环境工程
43. 城乡规划
44. 临床医学
45. 针灸推拿学
46. 药学
47. 护理学
48. 会计学
49. 舞蹈学
50. 环境设计
51. 数字媒体艺术
这些专业在国家级和省级的一流本科专业建设点、特色专业、综合改革试点专业等方面均获得了认可。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些王牌专业，因为它们在教学质量和就业前景方面通常具有较大优势。