建邺区的二本大学包括以下几所：
南京工程学院：
这是一所主攻工程技术、江苏省属的工科型二本院校，近年来在工程学科方面成绩斐然。
南京晓庄学院：
以师范教育为特色，历史悠久，培养了众多优秀教师，是南京市民办教育的佼佼者。
南京信息工程大学：
虽然为民办，但在信息技术领域享有很高的声誉，是国家级示范性软件学院。
南京审计大学：
在审计领域有很高的声誉。
建议：
南京工程学院和 南京晓庄学院是建邺区较为知名的二本大学，分别擅长工程技术和师范教育。
南京信息工程大学在信息技术领域有很高的声誉，适合对信息技术感兴趣的学生。
南京审计大学在审计领域有很高的声誉，适合有志于从事审计工作的学生。