福建医科大学的校训是 勤奋、严谨、求实、创新。这八个字体现了学校自1937年建校以来所秉承的教育理念和治学精神。
福建医科大学在80多年的办学历程中，始终坚守这一校训，致力于造就优秀人才、推动科技进步、服务社会发展、弘扬先进文化。学校形成了“以人为本、求是至臻”的办学理念和“自强不息、追求卓越”的学校精神，孕育了“崇真向善、精诚致远”的校风、“厚德敬业”的教风和“博学笃行”的学风。这些理念和精神共同推动了学校的持续发展和进步。
2020年，福建医科大学荣获第二届全国文明校园称号，这一荣誉进一步彰显了其在办学质量和精神文化建设方面的卓越成就。