民办大学毕业生在处理档案存档时，有以下几种选择：
学校档案馆
毕业后可以将档案存放在学校档案馆，学校负责保管。
个人保管
部分民办大学允许学生自行保管档案，毕业后可以带回原籍或根据需要自行存放。
政府相关部门
可以选择将档案存放在当地人事档案管理部门，如人才市场或人才交流中心。
办公室
有些民办大学允许学生在毕业后将档案存放在学校办公室，由学校代为保管。
用人单位
如果毕业后去机关、事业单位、国有企业就业，由用人单位出具接收函或调档函，学校将档案转递到用人单位保管。
人才服务中心
对于民营、合资、外资企业或不具备档案管理权限的用人单位，可以选择在户口所在地或工作单位所在地的人才服务中心存档。
第三方机构
可以找专门搞档案管理的第三方机构帮助存档。
建议
提前规划：毕业生应提前了解并确认自己的就业去向，以便选择合适的档案存放方式。
咨询学校：在毕业前，建议咨询所在民办大学的相关部门，了解具体的存档流程和注意事项。
及时办理：一旦确定档案存放地点，应及时办理相关的存档手续，确保档案的安全和完整。
这些选项提供了多种档案存放方式，毕业生可以根据自己的实际情况选择最合适的方法。