民办大学毕业生在处理档案存档时，有以下几种选择：
学校档案馆
毕业后可以将档案存放在学校档案馆，学校负责保管。但学校只能允许保存两年，如果两年后还没有地方可以接收档案，则会被打回原籍，有可能造成档案丢失。
个人保管
部分民办大学允许学生自行保管档案，毕业后可以带回原籍或根据需要自行存放。
政府相关部门
可以选择将档案存放在当地人事档案管理部门，如人才市场或人才交流中心。人才市场是政府部门，拥有档案保管权，有权办理转正定级，放在那里起码有安全保障。但一旦找到工作要及时办理就业手续，以便及时进行转正定级，方便后续正式调动。
办公室
有些民办大学允许学生在毕业后将档案存放在学校办公室，由学校代为保管。
用人单位
如果毕业后去机关、事业单位、国有企业就业，由用人单位出具接收函或调档函，学校将档案转递到用人单位保管。
建议
及时办理就业手续：如果毕业后找到工作，应及时办理就业手续，以便及时进行转正定级，方便后续正式调动和档案保管。
选择可靠的档案存放地点：如果选择将档案存放在人才市场或人社局，应确保选择正规、有档案管理权限的机构，以保证档案的安全和合法性。
咨询专业人士：在处理档案存档时，建议咨询专业的档案管理机构或相关部门，以确保档案的妥善保管和顺利转递。