三本大学的管理模式通常包括以下几个方面：
院系两级管理模式
特点：实行院系两级管理模式，提高内部管理质量，发挥各方面积极性，形成优势和特色，提升学校的核心竞争力。这种模式赋予系（部）在教学、学科建设、人事、科研、财务、学生工作等方面独立自主权，使其具有更大的工作自由度及活动空间。
理论依据：在管理学和组织学中，管理层次与管理幅度呈现反比关系，决定了锥形结构形态与扁平结构形态。院系两级管理模式的构建以优化校内资源配置为最基本出发点与前提条件，通过调整院系两级管理职权，进行财务管理体制构建，相关配套的改革措施与评价机制的建立，确立系（部）“主体性”的结构地位。
独立学院的特点
独立性：独立学院和民办高校拥有独立的校园设施、教学管理和招生权限，颁发学历和学位证书，财务独立，具备法人资格，能够承担民事责任。
合作性：一些三本大学是省属普通本科院校，由教育部批准，遵循教育成本收费原则，作为国有高校的试点单位，实施新的管理模式和运营机制。还有一些公立大学与社会力量合作，如企业、事业单位或个人等，共同创办的独立学院，虽然形式上属于公有，但因其完全由民间投资运营，所以在性质上被视为民办独立学院。
学生管理
辅导员制度：国家对独立院校有明确规定，要求辅导员的生师比是200:1，三本院校大多民营，为了更好的管理学生，有的还要求辅导员住校，24小时管理学生。
学生特点：三本院校的学生虽然高考成绩不太好，但学生情商很高，在学习上不愿意花工夫，但对于课外活动，学生的积极性却是很高。
管理制度建设
人事管理：加强管理制度建设，在人事管理、财务管理、教务管理方面切合学院实际，形成具有独立学院特色的管理机制。
学工队伍：优化学工队伍建设，建立严谨的学工队伍管理制度，组建独立学工队伍体系，探索新机制下辅导员管理体系。
学生管理：结合三本院校发展特色、办学宗旨，建立具有学院特色、适合学院发展的学生管理制度，充分利用现有资源，形成新机制、新模式的学生管理体系。
管理模式种类
刚性管理模式：强调制度化管理，以规章制度为中心，严格按照规章制度办事。
柔性管理模式：侧重于人性化关怀和激励措施，通过激励机制、参与渠道和非正式组织等手段提升教职工的工作积极性和创造力。
扁平化管理模式：减少管理层级，提高管理效率，通过减少决策层级，使信息传达更为迅速，增强组织对环境的应变能力。
目标管理模式：以目标为导向，通过明确组织目标和个人目标，激发教职工的主动性和创造性。
人本化管理模式：以人为中心，强调人的尊严和价值，注重满足教职工的个人需求，创造宽松的工作环境，并通过授权和参与决策来提高教职工的归属感和责任感。
这些管理模式可以根据三本大学的实际情况进行选择和调整，以实现学校的高效运行和学生的全面发展。