湖南二本三本合并的大学包括：
湖南农业大学与 湖南农业大学东方科技学院；
湖南中医药大学与 湖南中医药大学湘杏学院；
中南林业科技大学与 中南林业科技大学涉外学院；
湖南商学院与 湖南商学院北津学院；
湖南工业大学与 湖南工业大学科技学院；
湖南科技大学（拟与 湖南工程学院合并）；
湘潭大学兴湘学院（拟与 湖南工业职业技术学院合并）；
湖南工商大学北津学院已转设为 湘潭理工学院；
长沙理工大学城南学院（拟与 长沙民政职业技术学院合并转设为公办本科层次的职业技术大学）。
这些合并案例展示了湖南省内高校通过资源整合和优化，提升教育质量和学术水平，以更好地服务于地方社会经济发展的战略。建议关注各合并高校的官方公告和最新发展动态，以获取最准确的信息。