三本学校与大学独立主要存在以下区别：
办学主体和经费来源
三本院校：通常是指教育部直属、省属的本科高校，拥有国家授权的学位授予权限，经费主要来源于政府投资。
独立学院：是由企业、事业单位、社会团体、个人等非政府部门独立设立的高等教育机构，没有学位授予权限，经费主要来源于合作方的投资和学费。
学校性质
三本院校：属于公立学校，由政府投资兴建和运营管理。
独立学院：属于私立学校，由民间资本投资兴建和运营管理。
教学质量
三本院校：在师资力量、教学设施、教学科研水平等方面普遍更加优秀。
独立学院：教学质量参差不齐，但由知名本科高校举办的独立学院在教学质量上可能会更有保障。
招生政策
三本院校：招生政策相对固定，一般需要考生通过高考或其他考试获得录取资格。
独立学院：可以自主招生，也可以通过高考等方式招收学生。
学位证书
三本院校：学生毕业后获得的国家承认的学历证书和学位证书上加盖学校校名印章。
独立学院：学生毕业后获得的国家承认的学历证书和学位证书上加盖的是某某大学某某学院印章。
社会认知和就业情况
三本院校：由于社会对民办和独立学院的认知度不同，毕业生的就业情况可能会有所差异。
独立学院：部分独立学院在双学位、考研等方面具备优势，但整体上社会认知度较低。
转设情况
三本院校：包括独立学院和民办高校，部分独立学院已经成功转设为民办高校或公办本科大学。
独立学院：根据教育部政策，所有独立学院必须完成转设，有的转设为不再依靠母体的民办高校，有的成功发展为公办本科大学。
总的来说，三本学校与大学独立在办学主体、经费来源、学校性质、教学质量、招生政策、学位证书、社会认知和就业情况以及转设情况等方面存在明显的区别。随着教育政策的调整和社会发展的需要，独立学院正在经历转设，逐渐脱离母体高校，独立发展。