南通大学下的三本院校是 南通大学杏林学院。南通大学杏林学院是南通大学的一个三本学院，由江苏省教育厅主管，位于南通市下辖的县级市启东市。学院始建于1999年，前身为南通医学院杏林学院，2004年在原南通医学院、南通工学院和南通师范学院合并组建南通大学后，更名为南通大学杏林学院。
南通大学杏林学院的专业设置包括汉语言文学、统计学、国际经济与贸易、市场营销、会计学、行政管理、应用心理学、英语、日语、化学工程与工艺、轻化工程、机械工程及自动化、电子信息工程、自动化、计算机科学与技术、土木工程、工程管理、纺织工程、服装设计与工程、临床医学、医学检验、护理学、艺术设计、资源环境与城乡规划管理等。
需要注意的是，虽然南通大学杏林学院是三本院校，但其录取分数和专业门类相较于主校区还是有所不足。因此，学院在学科建设、校园建设等方面还需要继续努力。