南通大学作为一所综合性大学，其招生时分为二本和三本，这两者在多个方面存在区别：
录取批次
二本：通常指本科第二批次录取，是本科录取中相对较高的一个层次。
三本：通常指本科第三批次录取，是本科录取中相对较低的一个层次。
录取分数线
二本：录取分数线通常较高，一般需要达到500分左右，甚至更高。
三本：录取分数线相对较低，不同学校和专业之间差异较大，但普遍低于二本。
办学水平
二本：办学水平较高，通常包括一些省属重点院校的优势专业，教育资源较为丰富。
三本：办学水平相对较低，主要以独立学院和民办学校为主，办学基础条件和师资队伍建设与二本有较大差距。
社会认可度
二本：社会认可度较高，通常被认为是质量较高的本科院校。
三本：社会认可度相对较低，部分单位在招聘时可能会对三本院校毕业生持有偏见。
专业设置
二本：专业设置较为普通，多是一些一本院校剩余的专业。
三本：专业设置较为独立，可能包括一些新兴或特色专业，与二本专业衔接性不强。
授课内容和难度
二本：授课内容较为基础，难度和进度相对较慢，知识结构较为优化。
三本：授课内容和难度可能稍高，进度较快，知识结构可能更为深入。
资源分配
二本：通常拥有较好的教育资源，包括师资力量、实验室、图书馆等。
三本：资源相对较少，但在一些三本院校中，由于投入的增加，教育资源也在逐步提升。
总的来说，南通大学虽然在一些省份被视为二本院校，但其整体实力和资源已经接近甚至超过一些一本院校。选择二本还是三本，主要取决于个人的分数、职业规划以及对学校办学质量和就业前景的考量。建议学生在选择时，综合考虑自身的实际情况和目标，做出最适合自己的选择。