三本大学发二本毕业证的做法是不可以的。根据相关资料显示，无论是三本还是二本，其毕业证书和学位证书上均不会标明批次信息，而只显示院校名称、毕业专业、学生姓名、证书号码以及教育部和院校的印章等内容。
虽然存在一些特殊情况，例如某些三本院校因管理不规范而发放二本毕业证，或者学校升级导致学生获得更高批次的学位证，但这些情况并不普遍，且随着教育管理的规范化，此类现象已经得到了有效遏制。
因此，从正规渠道和目前的教育制度来看，三本大学发放的毕业证书上应明确标注为“三本”，而不会是二本。如果学生在选择学校时对此有疑问，建议直接咨询相关学校的教务处以获取最准确的信息。